Come Full Canopy Genetics e Valenveras portano i dati in MycoBag

In MycoBag, colleghiamo i dati di coltivazione alle misurazioni analitiche. Full Canopy Genetics e Valenveras collaborano per capire come i campioni di funghi differiscano per resa e composizione chimica, con Hydra tra le varietà presenti nell’attuale catalogo MycoBag.

Il lavoro risale alle nostre prime letture sui funghi a Denver, in Colorado, nel 2023. Insieme a Santiago Ongay di Full Canopy Genetics e ad altri collaboratori, stiamo esplorando come l’analisi portatile possa portare più informazioni nella ricerca sui funghi.

L’obiettivo è rendere più facile esaminare la ricerca dietro queste varietà. Un risultato utile indica cosa è stato misurato, come è stato misurato e quanta fiducia giustificano i dati.

Perché resa e composizione vanno insieme

Un occhio esperto sa riconoscere differenze nella forma, nella crescita e nella resa del raccolto. Queste osservazioni restano preziose, ma l’aspetto da solo non può stabilire la composizione chimica.

La resa registrata e i risultati analitici rispondono a domande diverse.
Due raccolti possono pesare più o meno lo stesso e avere profili chimici diversi. I loro risultati diventano più significativi quando i dettagli del campione e i metodi di misura vengono registrati insieme.

Come Valenveras trasforma la luce in dati

Nel flusso di lavoro analitico descritto per questa ricerca,
il sistema combina hardware ottico con modelli analitici sviluppati da Valenveras. L’hardware cattura un segnale ottico; il modello analitico gli dà un significato che i ricercatori possono interpretare e registrare.

FT-NIR sta per spettroscopia nel vicino infrarosso in trasformata di Fourier.
Uno strumento illumina il campione e ne registra la risposta alla luce nel vicino infrarosso. Lo spettro risultante contiene segnali sovrapposti legati alla composizione e alle proprietà fisiche del campione.
Modelli chemiometrici, addestrati su risultati di laboratorio di riferimento, usano questi pattern per stimare caratteristiche chimiche definite.

La scansione ottica può essere rapida e non distruttiva.
La sua utilità dipende da un metodo di preparazione del campione adeguato e da un modello calibrato sul materiale analizzato. Questa combinazione può rendere pratico raccogliere dati analitici con maggiore regolarità.

Perché contano le misurazioni di riferimento

Un modello NIR quantitativo dipende dalla qualità delle sue misurazioni di riferimento e dalla validazione con campioni da cui non ha ancora imparato. Informazioni utili sulle prestazioni includono i composti coperti, l’intervallo di concentrazione e l’errore osservato
quando le previsioni vengono confrontate con un metodo di riferimento adeguato.

Nella ricerca sui funghi, questi controlli devono riguardare campioni di funghi e lo specifico modello analitico in uso. Lo screening rapido può offrire una prima visione pratica, mentre l’analisi di laboratorio di riferimento può supportare validazione e conferma. I due approcci possono essere complementari.

Il contributo di Full Canopy Genetics

Full Canopy Genetics contribuisce con la ricerca micologica e lo sviluppo delle varietà legati a MycoBag. La collaborazione con Valenveras aggiunge dati analitici alle osservazioni raccolte durante questo lavoro.

Il valore nasce dal collegare ogni risultato al suo contesto. L’etichetta di un campione, un raccolto registrato e un risultato analitico devono riferirsi allo stesso materiale per poter sostenere un confronto significativo.

Col tempo, un archivio di ricerca ben documentato può rendere più facile verificare i risultati. Può anche mostrare dove un andamento apparente ha ancora bisogno di una conferma indipendente.

Come leggere il grafico resa e composizione

I primi grafici del programma riuniscono in un’unica vista rese registrate e risultati analitici. Questi riepiloghi visivi usano posizioni approssimative e offrono un quadro generale delle osservazioni. È meglio leggerli come un’introduzione alla ricerca, lasciando i confronti precisi ai dati di base verificati.

Nel grafico resa/potenza, la «potenza» è indicata come alcaloidi totali sul campione tal quale (as-is). Si tratta della concentrazione riportata nel campione così come è stato analizzato, non della sola psilocibina. L’asse della resa usa once per unità per raccolto. Queste etichette contano perché i confronti dipendono da definizioni comuni e basi di misura coerenti.

I punti mostrati coprono diverse combinazioni di resa registrata e concentrazione. La loro disposizione, da sola, non stabilisce quanto sia forte la relazione tra queste misure
né dimostra che non esista un compromesso.

Hydra compare nella zona in alto a destra di questa illustrazione, insieme a poche altre voci. Questa posizione è un’osservazione all’interno di questo set di dati, non una garanzia di come si comporteranno i singoli campioni MycoBag.

La dimensione delle bolle rappresenta il numero di raccolti registrati. Una bolla più grande non significa automaticamente un risultato più preciso o stabile:
scansioni ripetute, più campioni dallo stesso raccolto e raccolti indipendenti rappresentano tipi diversi di evidenza. L’incertezza dipende anche dalla variabilità e dal metodo analitico.

Figura 1. Resa rispetto alla concentrazione riportata di alcaloidi totali.
Le posizioni mostrate sono approssimative e non vanno interpretate come valori garantiti.

Cosa può dirci il grafico di distribuzione

Il secondo grafico osserva la dispersione delle concentrazioni riportate.
La legenda descrive ogni box come il 50% centrale dei risultati,
, con una linea che indica la mediana e baffi che mostrano l’intervallo riportato. Così emergono informazioni che una sola media nasconderebbe.

Le linee «Medium», «High» e «Ultra-High» sono etichette di riferimento interne. Descrivono categorie usate all’interno del programma, non standard scientifici o di sicurezza riconosciuti.

Nell’illustrazione, Hydra 2026 ha un box relativamente compatto. Questo suggerisce una dispersione più ristretta tra le osservazioni mostrate, ma non basta da solo a stabilire stabilità genetica o ripetibilità in contesti diversi.

Il grafico include anche voci etichettate come cappelli e gambi, oltre a nomi con etichette di anni diversi. Non si tratta automaticamente di gruppi equivalenti. Tipo di campione e coorte devono restare visibili nell’interpretazione dei risultati.

Una singola osservazione non può dimostrare costanza. Anche una distribuzione stretta richiede un numero di campioni indipendenti e una spiegazione di come sono state raccolte le osservazioni, prima che chi legge possa valutare quanto il risultato sia generalizzabile.

Figura 2. Distribuzione delle concentrazioni riportate di alcaloidi totali.
I box riassumono osservazioni registrate e non vanno interpretati come prova di stabilità genetica.

Cosa i grafici non dimostrano

Si tratta di riepiloghi osservazionali. Genetica, ambiente, campionamento e misurazione possono contribuire tutti agli andamenti mostrati. Separare questi effetti richiede più evidenze di quante ne forniscano i grafici da soli.

Il loro valore immediato è rendere più facile discutere le evidenze. Mostrano perché una media ha bisogno di contesto e perché un’osservazione promettente va distinta da un risultato confermato in modo indipendente.

Hydra e la prossima fase della ricerca MycoBag

Hydra fa parte dell’attuale catalogo MycoBag ed è rappresentata anche nei dati di ricerca discussi qui. Questo la rende un esempio utile delle domande che questa collaborazione sta esplorando.

Per noi, Hydra è un’occasione per rendere questa ricerca più visibile.
Man mano che la ricerca avanza, vogliamo che tu capisca le domande dietro questa varietà, come sono state valutate le sue misurazioni e quali risultati sono stati confermati.

MycoBag continua inoltre a documentare altre varietà. L’opportunità è dare a ciascuna una storia di ricerca chiara, con affermazioni che riflettano le evidenze disponibili invece di trasformare osservazioni preliminari in garanzie.

L’autore

Ruben Valenzuela Moreno è ingegnere agrario, industriale e del design, e cofondatore di MycoBag e Valenveras. Il suo lavoro unisce la ricerca micologica e la tecnologia analitica. Questo articolo descrive una collaborazione in cui è coinvolto direttamente.